A exposição de longa duração do Museu Amazônico visa apresentar ao público o rico universo sociocultural das populações amazônicas, tanto do passado quanto do presente. Inicialmente, o visitante é convidado a conhecer as primeiras populações que habitaram o que hoje é conhecido como estado do Amazonas. Por meio de vestígios arqueológicos, é possível acompanhar a complexidade da cultura material dos grupos pré-coloniais, especialmente no manejo e fatura de peças cerâmicas, nos quais a habilidade e a riqueza estética evidenciam múltiplas camadas de sentido que compunham o universo cotidiano, ritual, material e espiritual dos povos amazônicos antes do contato colonial. Além disso, na sala ao lado, dedicada aos líticos, é possível observar diferentes rochas transformadas, produzidas e usadas pelo humano nas suas relações e interações com a paisagem em que esteve inserido. São testemunhos significativos do aprimoramento tecnológico que possibilitava a subsistência e o manejo da natureza. Nos outros espaços expositivos, o museu dá acesso ao público aos artefatos produzidos por diferentes grupos étnicos da Amazônia, do que pode se compreender como cultura material recente. Através da cestaria, da cerâmica e de objetos em madeira, como bancos e raladores, o público toma contato com o mundo do cotidiano e do trabalho das populações indígenas, assim como dos objetos produzidos pelas populações ribeirinhas, que formam a coleção de arte ou cultura popular amazônica. Além disso, uma sala da exposição é dedicada à memória do Pajé Leôncio Apurinã, natural de Boca do Acre - AM, grande conhecedor da medicina tradicional indígena e que durante décadas estabeleceu uma forte relação com o museu, realizando nas dependências deste rituais e pajelanças, bem como a venda de ervas. Por sua importância e em reconhecimento à sua sabedoria, o Museu Amazônico celebra a memória do Pajé Ariuka com uma exposição no qual objetos pessoais, fotos e artefatos produzidos por seu grupo étnico são evidências da presença constante desta liderança indígena na memória do museu e da sociedade local.